RNA-seq library prep with SMARTer® technology -2

에스앤씨와 함께하는 생명과학 이야기 뉴스레터

2023. 1. 10.

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두번째 이야기

RNA-seq library prep with SMARTer® technology

https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e05238

Identification of differentially expressed genes during its intracellular growth in Acanthamoeba

Fu-Shi Quan, Hyun-Hee Kong, Hae-Ahm Lee, Ki-Back Chu, Eun-Kyung Moon

아래 내용은 다카라코리아에서 직접 번역한 내용으로, 해석하는 과정에서 원작자의 의도와 상이한 내용이 포함되 어 있을 수 있습니다. 학술 정보를 목적으로 하는 경우 원문을 참고하여 주시기를 바랍니다.

Abstract 미리보기▼

Legionella 는 포유류 macrophage (대식세포)와 같은 free-living amoeba 세포 내에서도 증식한다. 현재까지는 Acanthamoeba 세포 내에서의 Legionella의 전체적인 유전자 발현 패턴에 대해 모두 밝혀지지 않았다. Intracellular bacteria는 host의 gene expression을 변화시킬 뿐 아니라 생존에 관여하는 자신의 유전자 발현 또한 조절할 수 있다.

본 연구에서는 Acanthamoeba내에서 Legionella를24시간 동안 증식시키고, 그 기간 동안 발현하는 유전자가 어떻게 변화하는지를 비교 분석하였다. RNA sequencing 분석을 진행여 intracellular Legionella가 발현하는 3,003개의 유전자를 확인하였고, 일반적인 free Legionella와 비교했을 때, 115개의 유전자가 2배 이상 과발현 되었고, 1,676개의 유전자는 2배 이상 더 낮은 발현을 보임을 확인하였다.

Gene ontology (GO) 분석에서는intracellular Legionella내에서 molecular function 기준 ‘ATP binding’과 ‘DNA binding’으로 분류된 다양한 유전자가 발현되지 않는 것을 확인하였다. 독성과 항산화 스 트레스 반응에 관여하는 alkylhydroperoxidase 효소의 발현은 배양 24시간 후에 매우 높아졌다. 에너지 생산을 활성화하는 Amino acid ABC transporter substrate-binding protein도 역시 높게 발현되었다.

Aylhydroperoxidase, glucose pathway, Dot/Icm type IV secretion system과 관련된 유전자들은 차등적인 발현을 보였다. 이렇게 얻은 결과들은 Acanthameoba 세포 내의 Legionella의 생존 전략을 더 심층적으로 이해하는 데 도움을 줄 수 있다.