RNA-seq library prep with SMARTer® technology -4

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2023. 1. 17.

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네번째 이야기

RNA-seq library prep with SMARTer® technology

https://doi.org/10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a

Benchmarking Single-Cell mRNA–Sequencing Technologies Uncovers Dierences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content

Ilona Holcomb, Nidhanjali Bansal, Tommy Duong, Paul Babb, Julie Laliberte, Karthikeyan Swaminathan, Hui Helen Xu, Leigh Ann Melloy, Jerry Hildebrand, Andrew Farmer

아래 내용은 다카라코리아에서 직접 번역한 내용으로, 해석하는 과정에서 원작자의 의도와 상이한 내용이 포함되 어 있을 수 있습니다. 학술 정보를 목적으로 하는 경우 원문을 참고하여 주시기를 바랍니다.

Abstract 미리보기▼

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)은 각 세포를 분류하고 transcriptomic profile을 통해 특별한 세포 타입과 질병 상태를 확인할 수 있다. 이러한 single-cell 연구에서는 각 세포가 가지는 유전자를 민감도 있게 검출해 내는 것이 성공을 좌우하는 가장 큰 요인으로 작용한다.

최근 출시된 SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)는 single cell 서열 분석을 위해 주로 사용되는 방법들보다 더 높은 민감도와 재현성 을 제공한다.

본 연구에서는 SSsc PLUS의 구성품인 SMART-Seq® Single Cell Kit (SSsc)를 이용해 cDNA를 합성하고 가장 많이 사용되는 homebrew protocol인 Smart-seq2와 업데이트 버전인 Smart-seq3를 함께 비교하였다.

SSsc PLUS의 구성품인 SMART-Seq® Library Prep Kit는 보편적으로 scRNA-seq library 제작에 사용되는 Illumina® Nextera XT와 같은 방식을 채택하였다.

마지막으로, SSsc chemistry는 2종의 liquid- handler 장비 (MANTIS Liquid Handler, mosquito HV liquid handler)에서 시약 사용량을 1/4로 miniaturization했을 때에도 높은 민감도를 유지하는 것이 확인되었다.

결론적으로, SSsc PLUS는 다른 어떤 full-length 분석 방식과 비교했을 때 편리함, 민감도, 확인되는 유전자 수, 재현성에서 높은 성능을 보여 주며, automation platform에도 완전히 호환하여 사용할 수 있다.